Existen siete grupos de trabajo (o Comités Permanentes) transversales a IFMSA-Spain y sus comités locales. Cada uno de ellos cuenta con un coordinador nacional, un coordinador por cada Comité Local, y un grupo de colaboradores y voluntarios.
Cada Comité Permanente desarrolla sus propios proyectos, encuentros y actividades, con una línea de acción concreta, y su propio canal de comunicación interna.
- SCORP, Grupo Temático de Derechos Humanos y Paz.
- SCOPH, Grupo Temático de Salud Pública.
- SCORSA, Grupo Temático de Salud Reproductiva, Sexualidad y SIDA.
- SCOME, Grupo Temático de Educación Médica.
- SCOPE, Intercambios Internacionales.
- SCORE, Intercambios de Investigación.
- SCONE, Intercambios Nacionales.
